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双孢蘑菇加工技术主要有保鲜加工，速冻加工，罐藏加工，盐渍加工和干制加工等。主要产品有保鲜菇、速冻菇、罐头菇、盐水菇和干（片）菇。此外还有调味蘑菇、蘑菇酱油、蘑菇调味品、蘑菇浓缩液、蘑菇饮料、蘑菇蜜饯及蘑菇（多糖）保健品、蘑菇美容品等多种产品。现介绍几种主要技术。
保鲜加工 蘑菇保鲜加工研究始于本世纪初，采用了冷藏、辐射、气调、药物等多种方法，在理论上进行多方探讨。结果表明保鲜和蘑菇的呼吸、酶促反应、细菌污染等因子有关。通过控制鲜菇所处的环境条件来抑制新陈代谢和腐败性微生物的活动，使之在一定的时间内保持产品的鲜度、颜色与风味不变，但未获实用技术。1994年以来，福建省轻工业研究所蘑菇站科技人员在多年研究的基础上，承担了省九五科技攻关和国家八五科技攻关计划“蘑菇保鲜”项目，将生物技术与系统工程方法相结合，在国际上首次建立起综合性的保鲜技术，包括选育保鲜专用菌株，采前生物技术处理，采后预冷、低温除湿、物理抑酶、物理消毒和气调冷藏等技术与方法，使蘑菇保鲜的时间与效果有了突破性的进展，解决了双孢蘑菇易褐变、开伞、腐败等难题，保鲜期达10-20天，质量符合国家食品安全卫生标准， 产品已试销国内外，经专家鉴定达国际先进水平。此项成果的产业化将为我国蘑菇产品结构调整，提高产品在国际市场的竞争力作出贡献。
罐藏加工 我国蘑菇产品绝大部分均加工成罐头，并以外销为主。制罐是将蘑菇密封在容器里经一定的高温处理，杀灭可引起罐头蘑菇腐败和产毒致病的微生物；另一方面要尽可能保证蘑菇的形态、色泽、营养、风味、质地不受损失，因此掌握好灭菌温度和时间十分关键。制罐工艺包括罐头包装物准备，原料处理，装罐，排气，封口，杀菌和冷却几个环节。具体可参照福建省蘑菇菌种及蘑菇罐头标准综合体(FDBT/QB33.1-33.9-90)进行加工。
盐渍加工 把新鲜蘑菇预煮冷却后放入高浓度的食盐溶液中，食盐产生的高渗透压使菇组织中含有的水分和可溶性物质从细胞中渗出，盐水渗入，菇体含盐量逐渐与食盐溶液平衡，同时也使菇体内外的微生物因高盐浓度处于生理干燥状态而停止生长发育，起到防腐作用。蘑菇盐渍加工分为一次盐渍法和二次盐渍法。盐渍用食盐溶液浓度为20-22玻美度(100Kg清水加40Kg食盐,加热溶解即成)。一次法， 用75Kg食盐溶液加125Kg预煮冷却的蘑菇，加标准盐封面，每天测盐水浓度， 上下翻动一次。若盐水浓度下降，添加食盐至20-22波美度。96-144小时后,盐水浓度稳定在18波美度时,可进行分级包装。二次法是把一次法盐渍48 小时得到的半成品再倒入缸中，加入22波美度食盐溶液盐渍48小时。待盐水浓度稳定在18波美度时进行分级包装。包装要按外贸部门要求的标准，多选用清洁卫生、封口严密的塑料桶，盐水浓度保持18波美度，盐水要清，色泽黄亮而无杂质。包装时， 先在桶内加入3Kg添加了0.2%柠檬酸的20-22波美度的盐水,按蘑菇等级分别分级、称重、装桶，再加上述盐水加盖封严，可长期保藏或长途运销。
速冻加工 将经预处理的蘑菇在－30～－35℃或更低的温度下速冻后用塑料容器进行包装,或包装后再进行速冻，然后存放于－18℃温度下冷藏， 以抑制微生物的生长、发育，防止腐败，达到长期保藏的目的。速冻加工工艺包括，原料选择，切柄，清洗，护色，热烫，冷却，分级，挑选修整，包装，速冻和冷藏几个环节。
干制加工 干制主要有利用热能或冷冻干燥使蘑菇脱水，并使其中可溶性物质的浓度提高到微生物难以利用的程度，达到长期保藏的目的。蘑菇干制产品的含水量一般要求在7-8%。
蘑菇干片烘干法是用蘑菇切片机把清洗干净的菇纵切成3.0-3.5毫米厚的薄片,在0.1%的亚硫酸盐漂液中浸泡5-10分钟,均匀地铺放于烤筛上,或烤机的传送带上 ,不要重叠,先在50-55℃下干燥,再升高到65-70℃,临近结束时,逐步降温。一般干燥至菇片一捏就碎时即可。一级品要求色泽白至灰白，片型完整，二级品片型稍有碎缺，色泽淡黄。产品经分级后即包装贮藏。
蘑菇冷冻干燥法又称真空冷冻干燥或升华干燥。其优点是蘑菇无需杀青，预处理干净的蘑菇即可用于加工，制品能较好地保持原有的色、香、味、形和营养价值。冷冻干燥的原理是先将蘑菇原料中的水分冻成冰晶，然后把压力减小到一定数值后，供给升华热，在较高的真空下将冰晶直接气化升华而除去。干燥终了时，立即向干燥室充入干燥空气和氮气恢复常压，而后进行包装。由此法干燥的产品质地较脆，故应注意挑选适当的包装材料，为了长期保藏多采用真空包装，并在包装袋内充氮。蘑菇冷冻干燥的工艺包括：原料清理，送入冷冻干燥系统的密闭容器中，在-20 ℃冷冻,然后在较高真空度下缓慢升温，约经10小时左右，因升华而脱水干燥， 蘑菇失水率占鲜菇重量的90%，产品含水7-8%。产品具有良好的复厚性， 只要在热水中浸泡数分钟就能恢复原状，复水率可达80%,除硬度略逊于鲜菇外, 其风味与鲜菇相比几乎相同